La détection du coronavirus dans les eaux usées pourrait constituer une opportunité de suivre l’évolution de sa circulation. Les eaux usées correspondent, comme le rappelle The Conversation, à l’ensemble des eaux issues des habitations et des équipements publics urbains (hôpitaux, écoles…) ainsi que de certaines industries (si elles ne nécessitent pas de traitement spécifique). Ces eaux sont ensuite envoyées vers les stations d’épuration pour y être traitées et rejetées dans l’environnement.

L'enrichissement des eaux usées en coronavirus dû aux porteurs peu ou pas symptomatiques

La présence du virus dans les eaux non potables a été découverte par la publication d’une étude hollandaise dans la revue MedRxiv. Celle-ci a démontré que le génome du coronavirus peut être détecté dans plusieurs sites de prélèvement d’eaux usées quelques jours seulement après l’identification du premier cas humain de Covid-19 dans ce pays. Une étude confirmée en France par l’analyse de trois sites de prélèvement d’eaux usées en Île-de-France. Celle-ci a également constaté que les quantités de génomes viraux détectés dans les eaux usées augmentent en phase avec le nombre d’hospitalisations liées au Covid-19 au niveau régional. Plus récemment, des résultats sur l’analyse de ces eaux ont montré une réduction très significative de la charge virale dans les eaux usées, une conséquence attendue des mesures de confinement sur la circulation du virus.

L’analyse continue de ces eaux usées peut donc permettre de suivre l’évolution du coronavirus, notamment car l’enrichissement des eaux usées en coronavirus est dû à des porteurs peu ou pas symptomatique. La recherche régulière et systématique du virus sur ces échantillons pourrait permettre d’exercer une veille essentielle et complémentaire des approches épidémiologiques chez l’être humain. Cette stratégie pourrait être implémentée dans un plan de lutte intégré contre l’épidémie, note The Conversation. Elle pourrait notamment être déployée en priorité dans les régions — en France comme à l’étranger — dans lesquelles la prévalence du virus est encore très faible (peu de cas rapportés) voire nulle, en complément des études épidémiologiques conduites chez les populations.

Une utilisation potentielle à l'avenir

Ce suivi peut permettre d’avoir un moyen de contrôler l’évolution de la situation en vue du déconfinement et de la peur d’une deuxième vague de contamination qui pourrait suivre. Cela pourrait permettre de suivre la circulation du virus dans le pays et de voir si celui-ci a atteint des régions pour l’instant peu touchées. À terme, ajoute The Conversation, “la situation actuelle et les recherches en cours soulignent l’urgence d’un réseau national de surveillance des eaux usées dont le bénéfice pourrait être évalué à l’occasion du suivi de l’épidémie en cours et plus généralement dans le suivi de tous les germes à circulation fécale — virus des gastro-entérites hivernales, bactéries multirésistantes aux antibiotiques, etc.”