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Coronavirus

Serait-il devenu plus contaminant ? Imbroglio sur les mutations du SARS-CoV-2

Tandis qu’une nouvelle étude affirme que les mutations du SARS-CoV-2 n’augmentent pas la transmissibilité du virus, une autre pointe une mutation, survenue très tôt après l'apparition de la pandémie, comme responsable de sa propagation rapide.

Serait-il devenu plus contaminant ? Imbroglio sur les mutations du SARS-CoV-2 vchal/iStock

  • Publié le 26.11.2020 à 19h00
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L'ESSENTIEL
  • Plusieurs études estiment qu'une mutation, la 614G qui fait que le virus peut pénétrer plus facilement les cellules du nez ou de la gorge, survenue très tôt est à l'origine de la propagation rapide du virus.
  • Une nouvelle étude, basée sur des génomes viraux de plus de 46 000 personnes atteintes de la Covid-19, affirme qu'aucune mutation n'augmente la transmissibilité du virus
  • Tous les chercheurs s'accordent pour dire que les mutations ne vont pas affecter l'efficacité du vaccin

Les mutations du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 continuent d’agiter la recherche et de donner lieu à des travaux qui aboutissent à des des résultats qui semblent contradictoire. Que le virus ait muté est une certitude car, comme l’a récemment affirmé à Pourquoi docteur Etienne Simon-Lorière, responsable à l'institut Pasteur de l'unité Génomique Evolutive des virus à ARN, “le SARS-CoV-2 mute pour survivre. Lorsqu’il entre dans une cellule, il se réplique le plus rapidement possible avant que le système immunitaire commence à s’activer. Des centaines et des centaines de copies peuvent être produites, car le SARS-CoV-2 a une capacité à absorber de petits changements dans le génome qui est assez grande.”

Une mutation à l’origine de la pandémie

Ces mutations sont-elles à l’origine de la propagation rapide du virus ? Oui, avancent plusieurs études. La mutation, connue sous le nom de 614G, a été repérée pour la première fois dans l'est de la Chine en janvier puis s'est rapidement propagée en Europe et dans le monde entier. Il n'y a aucune preuve qu’avec cette mutation, le virus provoque des symptômes plus graves, tue plus de personnes ou complique le développement de vaccins. Par contre, cette mutation fait que le virus peut pénétrer plus facilement les cellules du nez ou de la gorge et donc infecter plus facilement et plus rapidement les malades. “Le changement du génome du virus semble avoir eu un gros effet d'entraînement, estime David Engelthaler, généticien à l'Institut de recherche en génomique translationnelle en Arizona, interrogé par le New York Times. En fin de compte, il se pourrait que cette mutation soit à l'origine de la pandémie.”

Mais ces conclusions viennent d'être contredites par une récente étude, parue le 25 novembre dans la revue Nature Communications, où les chercheurs ont estimé qu’aucune mutation actuellement documentée sur le virus n'augmente sa transmissibilité. Cette recherche se fonde sur l’analyse, menée par des scientifiques de l’université Californie, du Cirad, de l'université de la Réunion et d’Oxford, des génomes viraux de plus de 46 000 personnes atteintes de la Covid-19 et provenant de 99 pays. “Nous avons constaté qu'aucune de ces mutations ne permet une propagation plus rapide du Covid-19 mais nous devons rester vigilants et continuer à surveiller les nouvelles mutations, en particulier à mesure que les vaccins sont déployés”, a poursuivi le Dr Lucy van Dorp, auteur principal de l’étude.

La mutation D614G, neutre pour le virus

Au total, ce sont 12 706 mutations qui ont été identifiées. Pour 398 mutations, il existe des preuves solides qu'elles se sont produites de manière répétée et indépendante. Les chercheurs se sont concentrés sur 185 mutations qui se sont produites au moins trois fois indépendamment au cours de la pandémie. Pour tester si les mutations augmentent la transmission du virus, les chercheurs ont modélisé l'arbre évolutif du virus et analysé si une mutation particulière devenait de plus en plus courante dans une branche donnée de l'arbre, c'est-à-dire si les descendants de ce virus surpassent les virus SARS-CoV-2 étroitement apparentés sans cette mutation particulière.

Les chercheurs n'ont trouvé aucune preuve que l'une des mutations courantes augmente la transmissibilité du virus. Au lieu de cela, ils ont découvert que les mutations les plus courantes sont neutres pour le virus. Cela inclut une mutation dans la protéine de pointe du virus appelée D614G, désignée par d’autres comme étant à l’origine de la rapide propagation du virus. “Le virus semble bien adapté à la transmission entre les humains et il a peut-être déjà atteint son optimum de forme physique chez l'hôte humain au moment où il a été identifié comme un nouveau virus”, a concédé le Dr Lucy van Dorp.

Les mutations, pas un problème pour les vaccins

Les chercheurs se rejoignent sur une chose : les mutations ne vont pas jouer sur l’efficacité du vaccin. Une étude datant de septembre a déjà affirmé que les mutations n’affecteront pas le vaccin, affirmant que la faible diversité virale du virus ouvre la porte à un vaccin unique. “Les nouvelles sur le front des vaccins sont excellentes, a confirmé François Balloux qui a participé à l’étude publiée dans Nature Communications. Le virus pourrait bien acquérir des mutations de fuite de vaccin à l'avenir, mais nous sommes convaincus que nous serons en mesure de les signaler rapidement, ce qui permettrait de mettre à jour les vaccins en temps si nécessaire.”

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