C'est un univers grouillant qui vit, s'agite et évolue au sein de nos intestins : plus de 140 000 espèces virales peuplant notre microbiote viennent d'être identifiées par des chercheurs de l'institut Wellcome Sanger et de l'Institut Européen de bioinformatique. Et pour la moitié d'entre-elles, elles étaient jusqu'alors parfaitement inconnues ! Pourtant, elles semblent jouer un rôle majeur dans notre santé même si l'on ignore encore, depuis cette découverte, comment elles agissent sur notre organisme et interviennent dans les maladies qui peuvent l'affecter.

Des virus qui régulent l'action des bactéries du microbiome

Une étude publiée le 18 février dans la revue Cell permet d'avoir une vision un peu plus précise de cette bioidiversité qui nous habite : c'est en analysant 28 000 échantillons de microbiome intestinal issus d'individus en bonne santé et collectés dans différentes parties du monde (28 pays) que les chercheurs ont découvert qu'en plus de toutes les bactéries qui composent ce microbiome, cells-ci cohabitent avec des centaines de milliers de virus. Cohabitation qui, semble-t-il, n'aurait rien de très pacifique puisque nombre de ces virus -142 809 précisément ont été identifiés- sont bactériophages, c'est à dire capables d'infecter les bactéries et donc de réguler l'action de celles qui se trouvent dans notre intestin.

En attendant d'y voir plus clair sur la façon dont toute cette vie intestinale impacte notre santé, ces travaux ont permis de dresser un nouveau catalogue de virus appelé Gut Phage Database. "La plupart des virus que nous avons trouvé ont de l'ADN comme matériel génétique, ce qui les différencie des agents pathogènes que tout le monde connait, comme le SARS-CoV-2, qui sont des virus à ARN", souligne le Dr Alexandre Almeida qui a participé à ces travaux. 

L'impact du mode de vie

Parmi les premiers enseignements retirés de cette découverte, les différences assez nettes qui ont été trouvées entre ces communautés de bactériophages (phageomes) selon l'origine des individus chez lesquels des échantillons de microbiote ont été recueillis. Une séparation claire entre les phageomes nord-américains, européens, asiatiques, africains et sud-américains a été observée, chacun étant associé à des différences importantes dans les modes de vie.

"Ce catalogue de grande qualité et à grande échelle améliorera les futures études sur les composantes virales du microbiome et permettra une analyse écologique et évolutive des bactériophages intestinaux humains, soulignent les auteurs de l'étude. Concrètement, cela devrait ouvrir la voie à une meilleure compréhension du rôle que jouent les virus dans notre microbiome intestinal y compris la découverte de nouveaux traitements tels que des antimicrobiens d'origine bactériophage".