Le microbiote intestinal se façonne tout au long de la vie. Une alimentation déséquilibrée peut le dérégler et favoriser l’apparition de maladies comme le diabète de type 1. Cependant, c’est bien durant l’enfance qu’il se forme et qu’il faut faire particulièrement attention puisque manger des aliments trop gars ou sucrés peut l’altérer à vie. Dans une nouvelle étude, des chercheurs suédois ont avancé que le microbiote intestinal atteint en grande partie une composition de type adulte à l'âge de cinq ans mais certaines bactéries qui sont associés à une bonne santé générale ne sont acquises et n’atteignent leur abondance que plus tard dans l’enfance. Ces résultats ont été présentés le 31 mars dans la revue Cell Host & Microbe.

Le développement du microbiote encore mal compris

“Nous espérons souligner que le microbiote intestinal continue de se développer pendant l'enfance, a résumé Redrik Bäckhed, auteur principal de l'étude, et chercheur à l'université suédoise de Göteborg. Nos résultats soulignent la possibilité que le microbiote soit particulièrement sensible aux perturbations au cours de cette installation précoce, ce qui peut avoir des effets profonds sur la santé plus tard dans la vie.” Les nouveau-nés acquièrent des bactéries par transmission de la mère et de l'environnement lors de l'accouchement. Le microbiote se constitue ensuite durant la petite enfance. Des études antérieures ont suggéré qu’il commence à se stabiliser et à évoluer vers une composition de type adulte deux à trois ans après la naissance.

La manière dont le microbiote se constitue durant l’enfance reste mal compris, notamment la façon dont les différentes bactéries sont incorporées. “On a beaucoup insisté sur le microbiome intestinal pendant la petite enfance, qui est une période de développement très importante à la fois pour le microbiome intestinal et pour d’autres processus physiologiques et biologiques. Cependant, on en sait beaucoup moins sur le développement continu du microbiome intestinal après les premières années”, poursuit Josefine Roswall, o-première autrice de l’article.

Les changements les plus importants entre 4 et 12 mois

Pour combler ce manque de connaissances, les chercheurs ont analysé le microbiote de 471 enfants suédois suivis de la naissance à cinq ans. Ils ont profilé les microbes présents dans les échantillons fécaux collectés à quatre mois, un an, trois ans et cinq ans. Ils ont également comparé le microbiote des enfants à celui de leur mère et à une population suédoise adulte.

Ils ont observé que les changements les plus importants dans la composition du microbiote se sont produits entre l'âge de quatre et douze mois. Les bactéries courantes chez les adultes sont apparues à peu près au moment où les enfants ont commencé à manger des aliments solides. L’analyse menée par les chercheurs leur a permis de découvrir que les genres microbiens suivent quatre trajectoires de colonisation principales, augmentant en abondance et se stabilisant à divers moments après la naissance. Ils ont été surpris de découvrir que le microbiote d'un petit nombre d'enfants de cinq ans était mature pour leur âge, alors que certains adultes avaient un microbiote moins mature que prévu pour leur âge. “Nous constatons que de nombreux genres de bactéries qui dominent le microbiote intestinal adulte sont établis à trois ans, précise Lisa Olsson, co-autrice de l’article. Cependant, nous identifions plusieurs genres bactériens et archéologiques moins abondants qui continuent d'augmenter jusqu'à l'âge de cinq ans.” Les enfants dont la prise de poids était plus faible que prévu entre 12 mois et 5 ans ont un microbiote intestinal plus immature à 12 mois. À l'instar des enfants souffrant de malnutrition, ces enfants ont présenté une abondance réduite de Faecalibacterium, une bactérie qui a été liée à la santé métabolique. 

Le mode de naissance influe sur le développement du microbiote

Les résultats ont permis aux chercheurs de confirmer que les modes de naissances impactent le microbiote intestinal au début de la vie. La césarienne est associée à une plus faible diversité microbienne à quatre mois mais celle-ci s'est normalisée à trois ans à mesure que le microbiote intestinal continuait à mûrir. En outre, 25 genres bactériens ont montré des abondances différentes chez les enfants de cinq ans nés avec une césarienne par rapport à ceux nés par voie vaginale.